Son climat est chaud et humide. La température moyenne régnant en Amazonie est de 26 ºC. Les précipitations moyennes sont de 2 100 mm/an à 2 450 mm/an, avec cependant des zones au nord-ouest présentant plus de 10 000 mm de pluie/an. L'Amazonie voit un phénomène très rare se produire : deux bassins de fleuves sont reliés par un canal naturel qui franchit la ligne de partage des eaux : le canal du Casiquiare, entre l'Orénoque et l'Amazone.
